Registro completo de metadatos
| Campo DC | Valor | Lengua/Idioma |
|---|---|---|
| dc.creator | Morzan, Uriel | - |
| dc.creator | Ramírez, Francisco Fernando | - |
| dc.creator | Oviedo, María Belén | - |
| dc.creator | Sanchez, Cristian Gabriel | - |
| dc.creator | Scherlis Perel, Damian Ariel | - |
| dc.creator | González Lebrero, Mariano Camilo | - |
| dc.date | 2017-12-13T18:49:06Z | - |
| dc.date | 2017-12-13T18:49:06Z | - |
| dc.date | 2014-04 | - |
| dc.date | 2017-12-11T16:53:38Z | - |
| dc.date.accessioned | 2019-04-29T15:53:44Z | - |
| dc.date.available | 2019-04-29T15:53:44Z | - |
| dc.date.issued | 2014-04 | - |
| dc.identifier | Morzan, Uriel; Ramírez, Francisco Fernando; Oviedo, María Belén; Sanchez, Cristian Gabriel; Scherlis Perel, Damian Ariel; et al.; Electron dynamics in complex environments with real-time time dependent density functional theory in a QM-MM framework; American Institute of Physics; Journal of Chemical Physics; 140; 16; 4-2014; 164105-164114 | - |
| dc.identifier | 0021-9606 | - |
| dc.identifier | http://hdl.handle.net/11336/30511 | - |
| dc.identifier | CONICET Digital | - |
| dc.identifier | CONICET | - |
| dc.identifier.uri | http://rodna.bn.gov.ar:8080/jspui/handle/bnmm/304879 | - |
| dc.description | This article presents a time dependent density functional theory (TDDFT) implementation to propagate the Kohn-Sham equations in real time, including the effects of a molecular environment through a Quantum-Mechanics Molecular-Mechanics (QM-MM) hamiltonian. The code delivers an all-electron description employing Gaussian basis functions, and incorporates the Amber force-field in the QM-MM treatment. The most expensive parts of the computation, comprising the commutators between the hamiltonian and the density matrix—required to propagate the electron dynamics—, and the evaluation of the exchange-correlation energy, were migrated to the CUDA platform to run on graphics processing units, which remarkably accelerates the performance of the code. The method was validated by reproducing linear-response TDDFT results for the absorption spectra of several molecular species. Two different schemes were tested to propagate the quantum dynamics: (i) a leap-frog Verlet algorithm, and (ii) the Magnus expansion to first-order. These two approaches were confronted, to find that the Magnus scheme is more efficient by a factor of six in small molecules. Interestingly, the presence of iron was found to seriously limitate the length of the integration time step, due to the high frequencies associated with the core-electrons. This highlights the importance of pseudopotentials to alleviate the cost of the propagation of the inner states when heavy nuclei are present. Finally, the methodology was applied to investigate the shifts induced by the chemical environment on the most intense UV absorption bands of two model systems of general relevance: the formamide molecule in water solution, and the carboxy-heme group in Flavohemoglobin. In both cases, shifts of several nanometers are observed, consistently with the available experimental data. | - |
| dc.description | Fil: Morzan, Uriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física; Argentina | - |
| dc.description | Fil: Ramírez, Francisco Fernando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física; Argentina | - |
| dc.description | Fil: Oviedo, María Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones en Físico-química de Córdoba. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Instituto de Investigaciones en Físico-química de Córdoba; Argentina | - |
| dc.description | Fil: Sanchez, Cristian Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones en Físico-química de Córdoba. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Instituto de Investigaciones en Físico-química de Córdoba; Argentina | - |
| dc.description | Fil: Scherlis Perel, Damian Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química, Física de los Materiales, Medioambiente y Energía; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física; Argentina | - |
| dc.description | Fil: González Lebrero, Mariano Camilo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas "Prof. Alejandro C. Paladini". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas; Argentina | - |
| dc.format | application/pdf | - |
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| dc.format | application/pdf | - |
| dc.language | eng | - |
| dc.publisher | American Institute of Physics | - |
| dc.relation | info:eu-repo/semantics/altIdentifier/url/http://aip.scitation.org/doi/full/10.1063/1.4871688 | - |
| dc.relation | info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.1063/1.4871688 | - |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | - |
| dc.rights | https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/ | - |
| dc.source | reponame:CONICET Digital (CONICET) | - |
| dc.source | instname:Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas | - |
| dc.source | instacron:CONICET | - |
| dc.subject | RT-TDDFT | - |
| dc.subject | QM-MM | - |
| dc.subject | MAGNUS | - |
| dc.subject | LEAPFROG | - |
| dc.subject | Otras Ciencias Químicas | - |
| dc.subject | Ciencias Químicas | - |
| dc.subject | CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS | - |
| dc.title | Electron dynamics in complex environments with real-time time dependent density functional theory in a QM-MM framework | - |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/article | - |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion | - |
| dc.type | info:ar-repo/semantics/articulo | - |
| Aparece en las colecciones: | CONICET | |
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